Спосіб введення вакцин залежить від їхнього складу та призначення.
Живі вірусні вакцини можна вводити як підшкірно, так і внутрішньом’язово. Це обумовлено тим, що імунна система людини здатна розпізнати живі частки вірусу навіть у разі неглибокого введення у шкіру. До живих вакцин належать щеплення проти кору, епідемічного паротиту, краснухи.
Неживі вакцини та анатоксини вводять лише внутрішньом’язово. Вони містять вбитий вірус, тому їх потрібно вводити глибоко, щоб імунна система розпізнала його і сформувала імунну відповідь. Якщо неживу вакцину ввести підшкірно у жировий шар, то організм просто не відреагує на неї, а таке щеплення вважатиметься недійсним.
Деякі вакцини, як-от оральна поліомієлітна вакцина, вакцина від ротавірусу, крапають у рот для того, щоб сформувати місцевий імунітет у кишківнику.